פרופ' איתן שילוני הוא כירורג בכיר עם ניסיון של למעלה מ- 30 שנה. עד 2014 ניהל את מחלקה כירורגית ב' במרכז הרפואי כרמל בחיפה. כמו כן, הוא ניהל את האגף הכירורגי של ביה"ח הדסה עין כרם ואת המחלקה הכירורגית בביה"ח ביקור חולים בירושלים. פרופ' איתן שילוני הרצה בחוג לכירורגיה בבית הספר לרפואה של הדסה והאוניברסיטה העברית בירושלים וכן בפקולטה לרפואה של הטכניון בחיפה.
הוא בוגר בית הספר לרפואה של הדסה והאוניברסיטה העברית, עם התמחות בכירורגיה כללית, הדסה עין כרם. כמו כן, יש לו התמחות בכירורגיה אונקולוגית ובאימונותרפיה של גידולים ממאירים, שאותה הוא עבר במחלקה הכירורגית של המכון הלאומי לסרטן (NCI), המכון הלאומי לבריאות (NIH), מרילנד (בארה"ב).
פרופ' שילוני הינו מומחה בנושא מלנומה ממארת וסרטן בלוטת התריס וניתוחי בלוטת יותרת התריס (פאראתירואיד) , וביצע למעלה מ- 1,000 ניתוחים.