פרופ' בן רפאל ציון הינו מומחה בהפריה חוץ גופית, במיילדות ובגניקולוגיה בישראל ובארצות הברית והיה לראשוני הרופאים העוסקים בהפריה חוץ גופית בארץ ובעולם. תחומי טיפולו כוללים:
טיפול בבעיות פריון באישה ובגבר, בעיקר לאחר ניסיונות מרובים
טיפולי הפריה חוץ גופית
אנדוסקופיות
אנדומטריוזיס
ניתוחים גינקולוגים
שרירני הרחם
במהלך שנות עבודתו צבר פרופ' בן רפאל ניסיון תעסוקתי ואקדמאי רחב יריעה ומילא שלל תפקידים בכירים בתחום עיסוקו:
מייסד ומנהל ראשון של מנהל המרכז לרפואת נשים ע"ש הלן שניידר במרכז רפואי רבין קמפוס בילינסון וקמפוס גולדה השרון
מנהל מחלקת נשים ויולדות והפריה חוץ גופית במרכז רפואי רבין קמפוס גולדה השרון
מנהל המרכז לבריאות האישה הממוקם ברחוב קטוביץ' בתל אביב
משתלם בארצות הברית באנדוקרינולוגיה של הפריון והפריה חוץ גופית
נשיא האגודה הישראלית לגיל המעבר
חבר האקדמיה העולמית לפריון המונה סך הכול 100 חברים מרחבי העולם
משמש מורה למאות מומחים בתחום בארץ ובעולם
פרסומים מדעיים
פרופ' בן רפאל ציון חיבר עד כה למעלה מ - 350 חיבורים מדעיים וערך ספרים רבים ברפואה בנושאים מגוונים כגון רפואת נשים, הפריה חוץ גופית וגינקולוגיה. כמו כן חיבר ספרים לקהל הרחב לרבות "המדריך המלא לפריון" ו "לראות את הנולד" בהוצאת שוקן.
כנסים מדעיים לרופאים
קונספט הכינוסים הבינלאומיים לרופאים בשם Controversies, אשר פיתח וייסד פרופ' בן רפאל, הועתקו לתחומי רפואה רבים כגון: סוכרת, נוירולוגיה, עיניים, פלסטיקה, לב, אורולוגיה, רפואה המטולוגית, ילדים ועוד. כמו כן, הינו מייסד ויו"ר קבוע של הכינוס העולמי למחלוקות במיילדות גינקולוגיה ופוריות, המרכז מידי שנה אלפי רופאים מרחבי העולם. בנוסף מייסד ויו"ר הכינוס הבינלאומי הים תיכוני, מזכיר הכינוס העולמי להפריה חוץ גופית שהתקיים ב-1989 (אף ערך ספר בנושא) וממייסדי הכינוס העולמי Gender Based Medicine.
השתתפות בוועדות בארץ
פרופ' בן רפאל ציון הוזמן לקחת חלק בוועדות ממשלתיות, מקצועיות ואקדמאיות בישראל ובכך סייע לקבוע את סדר היום הציבורי בתחום. בין הוועדות:
ועדת ניירות עמדה של האגודה הישראלית למיילדות ולגינקולוגיה
ועדת ניירות עמדה של האגודה הישראלית לגיל המעבר
ועדת משרד הבריאות לשינוי החוק לתרומת ביציות (ועדה ראשונה)
ועדת משרד הבריאות ומשרד המשפטים להוצאת זרע ולשימוש בזרע מן המת
ועדה לקביעת טפסים להסכמה מדעת בטיפולי פריון והפריה חוץ גופית
יוזם ויו"ר ימי עיון ארציים לבחינת ההוראות להפסקות הריון מאוחרות
יוזם ויו"ר יום העיון הארצי לדיון בחוק הפונדקאות במלאת 4 שנים לחוק
אותות ופרסים
לאור ניסיונו המקצועי המוכח צבר פרופ' בן רפאל ציון במהלך שנות עבודתו מספר אותות ופרסים. ארגון הליונס העניק לו את אות איש המופת בשנת 1995, בימי מלחמת ההתשה זכה לצל"ש אות המופת וב-1962 קיבל צל"ש ממשטרת ישראל.