ד"ר רפאל מילר הוא מומחה לכירורגיה כללית מאז שנת 2004, המשמש ככירורג ראשי במחלקה כירורגית א' שבמרכז הרפואי קפלן. כמו כן, הוא מומחה לניתוחי בקעים בשיטה הלפרוסקופית ובשיטה הפתוחה, ומאז שנת 2005 ביצע יותר מ-1,800 ניתוחים מסוגים אלו.
ד"ר רפאל מילר השלים את לימודי הרפואה באקדמיה לרפואה שקובנו, ליטא. את הסטאז' ביצע במרכז הרפואי קפלן שברחובות, שם גם ערך התמחות בכירורגיה. בהמשך מונה ל-Chief Resident של המחלקה הכירורגית בקפלן.
ד"ר רפאל מילר מקבל מטופלים בהסדר עם שירותי בריאות כללית (כללית מושלם) ועם חברות הביטוח הבאות: מגדל, הפניקס וכלל.