שיבוש משכורת אחרונה ופיצויי פיטורין

שלום רב, לפני כחמישה חודשים ילדתי את בני. משכורתי האחרונה שובשה (בוצעו בה הפחתות וקיזוזים בגובה של כמעט 40% משכר הברוטו), ועל כן טרם תבעתי את דמי הלידה מן הביטוח הלאומי. פניתי למעבידי בכתב מספר פעמים, אולם נעניתי באופן סלקטיבי בשלילה ובהתעלמות.כעת אני נמצאת בעיצומם של התכתבויות משפטיות עם המעביד, על סף תביעה משפטית. אני כעת בחל"ת ומעוניינת להתפטר לצורך הטיפול בתינוק. שאלתי היא : האם הפגיעה במשכורתי האחרונה יכולה להשפיע לרעה גם על גובה הפיצויים שלהם אני זכאית ? האם עליי להדגיש במכתב ההתפטרות שאני מבקשת לקבל את הפיצויים על בסיס משכורת מלאה, או האם זה ברור מאליו? תודה מראש, שירית